Nació en Quintanaortuño, (Burgos), en el seno de una familia acomodada. Fue discípulo de santo Domingo de la Calzada con quien realizará una de las mayores empresas de la Edad Media. Junto a su maestro intentó mejorar el paso de los peregrinos, sirviéndose de sus conocimientos para la construcción. Con el fin de facilitar el paso de los peregrinos, construyó dos puentes: uno en Logroño y otro en Nájera. La fundación de San Nicolás de Ortega recibió durante la vida de Juan muchas donaciones del rey Alfonso y de su hijo Sancho. En 1142, Alfonso VII le donó incondicionalmente el Realengo de los montes de Oca. Juan se convirtió de esta forma en señor de Ortega, cuyo nombre tomó. Su fama se propagó por los reinos cristianos, y contribuyó a la paz entre los reyes de Castilla, Aragón y Navarra. dedicándose a las obras de caridad, murió en la paz del Señor. Patrón de los aparejadores de España.
Dios Padre se ha dignado concedernos, en el Corazón de su Hijo, infinitos dilectionis thesauros, tesoros inagotables de amor, de misericordia, de cariño.
«Dios nos ayuda a no caer en una religiosidad egoísta y empresaria. La higuera representa la esterilidad, una vida estéril, incapaz de dar nada. Una vida que no da fruto, incapaz de hacer el bien. Vive para sí, tranquilo, egoísta, no quiere problemas. Y Jesús maldice el árbol de la higuera, porque es estéril, porque no ha hecho lo suyo para dar fruto»